Az Egyetemi Kutató, Innovációs és Szolgáltató Központ (EKIK) nyolc kutatóközpontból áll: Bejczy Antal iRobottechnikai Központ, Bio-Tech Kutatóközpont, Élettani Szabályozások Kutatóközpont, SmartLab Központ, Alternatív Energiaforrások Kutatóközpont, Biztonságtudományi Központ, Tudományszervezési Központ valamint Villamosenergia- átalakító Rendszerek Kutatóközpont, a központ magja március óta az egyetem Bécsi úti központi épületében kapott helyet.

A Bejczy Antal iRobottechnikai Központban (BARK) például a humanoid robotok és korszerű ipari együttműködő (kollaboratív) robotok (kobotok) mellett a Magyarországon egyedül itt található da Vinci sebészeti robotrendszer. Itthon kizárólag kutatási céllal alkalmazzák az egyébként távirányítással műteni képes sebészrobotot, így az Óbudai Egyetemre nemcsak kutatási, hanem gyakorlati tapasztalatszerzés miatt orvostanhallgatók is bejárnak. A kutatás fontos célja az is, hogy az ember és a robot hogyan tud biztonságosan és eredményesen együttműködni.

A FabLab innovációs műhelyben lehetőség van fém megmunkálására, 3D nyomtatásra, műanyagöntésre, vagy akár elektronikai fejlesztésekre is. Az EKIK része a Bio-Tech Kutatóközpont (BTKK) is, ahol a rákkutatásokhoz orvosi mikroszkópiákkal nagyfelbontású képalkotói eljárások, szöveti elemzések, szív- és érrendszeri adatok elemzése lehetséges.

Az Élettani Szabályozások Kutatóközpont (PhysCon) szintén az orvosi mérnökinformatika területén működik, itt folyik az európai szinten egyedülálló, ERC projektből európai uniós támogatással megvalósuló rákkutatás, a „Tamed Cancer” (Megszelídített tumor).