Bár lehetnek jelentős különbségek, a Nemzeti alaptantervhez nagy mértékben tartaniuk kell magukat az alternatív rendszerű általános- és középiskoláknak is.
Sokan kiutat látnak benne az állami iskolarendszerből, ezért íratják valamilyen alternatív rendszerű általános iskolába a gyerekeiket, vagy jelentkeznek olyan középiskolába, mint az Alternatív Közgazdasági Gimnázium, Közgazdasági Politechnikum vagy valamelyik Waldorf.
Ezekben az intézményekben jellemzően
- alacsonyabb az osztálylétszám,
- hangsúlyosabb a projektalapú tanulás,
- előfordulhat, hogy a diákok tantárgyi blokkokban tanulnak,
- saját tantervet is akkreditáltatnak.
Ezzel kapcsolatban ugyanakkor fontos tudni, hogy ez maximum 30 százalékban térhet el a Nemzeti alaptantervtől "az iskolák közötti átjárhatóság és a továbbtanulás biztosítása érdekében."
